Lo 1er documento como cenobio es del 902, cuando Tasio, del contado de Empúries Peralada, imitando lo que había hecho el conde Guifré con Ripoll, fundó el Monasterio haciendo su hijo Hildesindo 1er abad a la vez que obispo de Elna. Al 982, con el abad de Ripoll, los dos benedictinos, fueron a Roma porque el Papa les confirmara los bienes. El monasterio, era, además, un verdadero centro espiritual.
Cuando muere Hildesindo la iglesia ya está acabada, como también las primitivas dependencias, de las cuales quedan importantes estructuras. El estilo ha dejado las formas bajo-romanas, para seguir la tradición autóctona que incorpora la magnificencia carolingia.

La actual basílica fue consagrada al 1022 por el abad Pedro. Y el Papa le concedió las mismas indulgencias que la visita a Roma, sobre todo durante las fiestas de S. Pedro y de la Sta. Cruz (al 3 de mayo), cuando el abad abría la “puerta santa”. Esto era porque, según la tradición el Papa Bonifacio IV (810), debido al peligro de ataques persas en Roma, hacía llevar algunas reliquias del apóstol S. Pedro a unas cuevas que había en la montaña donde esta ubicado ese monasterio. De aquí viene el nombre de "SAN PEDRO".

En el *sXII la iglesia se enriqueció con mármoles decorados por el maestro de Cabestany. Al museo Marés hay una de las piezas más bonitas del románico catalán.

Con la decadencia del contado de Empúries-Peralada (sXIV), y la piratería (algunas torres eran para guardarse de ella) el Monasterio decayó.

La iglesia de la Sta. Cruz
Esta iglesia pre-románica parece que está en el origen de la vida cenobítica de S. Pedro, puesto que antes de que fuera edificado el monasterio habían 4 celdas (780). Fueran fundadores el abad Atala, que después fue al monasterio de S. Policarpo de Rasés, al sur de Francia, y su discípulo Agobardo que después fue obispo de Lyon. En 902 la celda de S. Pedro ya tiene predominio sobre las otras.

Las Cavorcas
Son 7 cuevas semi-rupestres, que se encuentran en la montaña del Cabo de Creus. La cueva más grande tiene unos grafitos bastante borrados, representando unos barcos rodeados de estrellas, y una cruz latina (sVI-VII), que son del estilo de las Celdas donde vivió S. Antonio, cerca de Alejandría, en Egipto (sIV). Según el Sr. Bahía Homs, historiador, esta cueva servía de santuario. Caben en ella unas 8 personas.

Con las mismas características geográficas: un brazo de tierra que se adentra en la MEDITERRÁNEA, la cumbre del  monte Carmelo en la Tierra de Israel, es igualmente considerado "sagrado" desde tiempos inmemoriales.

En las grutes prehistóricas del monte Carmelo, se han encontrado signos religiosos de tiempos de los cananeos, que denominaron al monte: el "Cabo Santo", y en el sIVaC los griegos le dieron el nombre de "La santa montaña de Zeus".
También el nombre de Cabo de Creus es la cristianización de una cumbre, antiguamente dedicado a los dioses, que la evangelitzación transforma en el recuerdo a la Cruz.

La vida eremítica
En tiempos antiguos, pues, las Cavorques fueron habitadas por ermitaños. Es que antes de empezar la vida en comunidad, en el Cabo de Creus existieron ermitaños al estilo de los de Egipto.

En el lugar del actual monasterio se han encontrado vestigios de un antiguo núcleo eremítico, donde se habrían escondido las reliquias de S. Pedro, apóstol.