El 1er document com a cenobi és del 902, quan Tassi, del comptat d’Empúries Peralada, imitant el que havia fet el comte Guifré amb Ripoll, fundà el Monestir fent el seu fill Hildesind 1er abat, alhora que bisbe d’Elna. Al 982, amb l’abat de Ripoll, tots dos benedictins, van anar a Roma perquè el Papa els hi confirmés els béns. El monestir, era, a més, un veritable centre espiritual. Quan mor Hildesind l’església ja està acabada, com també les primitives dependències, de les quals en queden importants estructures. L’estil ha deixat les formes baix-romanes, per seguir la tradició autòctona que incorpora la magnificència carolíngia.

L’actual basílica fou consagrada al 1022 per l’abat Pere. I el Papa li concedí les mateixes indulgències que la visita a Roma, sobretot durant les festes de St Pere i de la Sta. Creu (al 3 de maig), quan l’abat obria la “porta santa”. Això era perquè, segons la tradició el Papa Bonifaci IV (810), a causa del perill d’atacs perses a Roma, feu portar algunes relíquies de l’apòstol St. Pere a unes coves que hi havia a la muntanya. D’aquí ve el nom de "SANT PERE".

Al sXII l’església s’enriquí amb marbres decorats pel mestre de Cabestany. Al museu Marés n’hi ha una de les peces més boniques del romànic català.

Amb la decadència del comptat d’Empúries-Peralada (sXIV), i la pirateria (algunes torres eren per guardar-se d’ella) el Monestir decaigué. 

Església de la Sta. Creu
Aquesta església pre-romànica sembla que està a l’origen de la vida cenobítica de St. Pere, ja que abans que fos edificat el monestir hi havien 4 cel·les (780). En foren fundadors l’abat Atala, que després anà al monestir de St. Policarp de Rasés, al sud de França, i el seu deixeble Agobard que després fou bisbe de Lió. Al 902 la cel·la de St. Pere ja té predomini sobre les altres.

Les Cavorques
Són 7 coves semi-rupestres, que es troben a la muntanya del Cap de Creus. La cova més gran té uns grafits força esborrats,  representant uns vaixells envoltats d’estels, i una creu llatina (sVI-VII), són de l’estil dels de les Cel·les on visqué St. Antoni, de vora d’Alexandria (sIV). Segons el Sr. Badia Homs, historiador, aquesta cova servia de santuari. Hi caben unes 8 persones.

Amb les mateixes característiques geogràfiques, un braç de terra que s'endinsa a la MEDITERRÀNIA, el cim del Carmel de la Terra d'Israel és igualment considerat "sagrat" des de temps immemorials. En les grutes prehistòriques ja s'hi han trobat signes religiosos. Els cananeus l'anomenaren, després, el "Cap Sant", i als sIVaC els grecs li digueren "La santa muntanya de Zeus".
També el nom de Cap de Creus és la cristianització d'un cim, antigament dedicat als déus, que l'evangelització transforma en el record a la Creu.

La vida eremítica
En temps antics, doncs, les Cavorques foren habitades per ermitans. És que abans de començar la vida en comunitat, al Cap de Greus existiren ermitans a l'estil dels d'Egipte. Al lloc de l'actual monestir s'hi han trobat vestigis d'una antiga cova-ermita, on s'hi haurien amagat les relíquies de St. Pere.